שינוי זה שסמוטריץ' עצמו הגדיר "שינוי ה־DNA של המערכת", כולל העברת סמכויות בתחומי תכנון ובנייה, רישום וניהולש מקרקעין, תשתיות, כבישים, שמורות טבע, ארכאולוגיה ואכיפה. בכך נוצר מנגנון אזרחי־פוליטי חדש, הנשלט בפועל בידי הגורמים הקיצוניים ביותר בממשלה, ומאפשר קידום מהיר ושיטתי של מטרות סיפוח, אגב עקיפת מעט הבלמים שהיו קיימים בעבר במערכת הצבאית והמשפטית.

​

לצד שינוי מבני זה, הממשלה הקימה וחיזקה את משרד ההתיישבות והמשימות הלאומיות בראשות אורית סטרוק, המשמש מנגנון ממשלתי להעברת מאות מיליוני ש"ח לגופים הפועלים בתחומי ההתנחלות ולהשתלטות על שטחים בגדה. תקציבים אלו, לצד תקציבי ביטחון ותשתיות, מסייעים להקים ולבסס מאחזים בלתי חוקיים, ובעיקר מאחזי חוות, שחלק ניכר מתושביהם מעורבים באלימות ובגירוש קהילות פלסטיניות.

​

אחד הביטויים הבולטים ביותר לשינוי שחל בשנים אלו הוא חידוש ההתנחלות בצפון הגדה. הממשלה ביטלה את האיסור על כניסת ישראלים לאזורי ההתנחלויות שפונו במסגרת "ההתנתקות" ב־2005, והחלה לקדם מחדש את הקמת ההתנחלויות חומש, שא־נור, גנים וכדים, לצד התנחלויות ומאחזים חדשים במרחב ג'נין ושכם. בה בעת מקודמים פרויקטים תיירותיים ואתרים ארכאולוגיים באזור, ובהם סבסטיה ותחנת הרכבת מסעודיה, שהם חלק ממהלך רחב יותר של עיצוב מרחב צפון הגדה המערבית.

​

הדוח מצביע גם על שינוי דרמטי בתחום התכנון. ביוני 2023 ביטלה הממשלה את הצורך באישור שר הביטחון לכל שלב בקידום תוכניות בנייה בהתנחלויות, והעבירה את השליטה על קצב קידום תוכניות הבנייה בהתנחלויות לידי סמוטריץ'. בעקבות זאת קודמו בשלוש שנות הממשלה תוכניות ל־40,064 יחידות דיור חדשות בהתנחלויות — תשתית תכנונית שעשויה לאפשר גידול עתידי של כ־160,000–200,000 מתנחלים. בשנת 2025 לבדה קודמו 27,941 יחידות דיור, יותר מכפול מהשיא השנתי הקודם. בין התוכניות הבולטות שאושרו נמצא אזור E1, שמימושו צפוי להעמיק את ביתור הגדה ולפגוע קשה באפשרות לפיתוח רצף פלסטיני בין רמאללה, מזרח ירושלים ובית לחם.

​

לצד קידום הבנייה הרשמית, הממשלה מקדמת הכשרה ופיתוח של מאחזים בלתי חוקיים. במאי 2024 נחשפה רשימה של 70 מאחזים שסמוטריץ' הורה לממן ולפתח, אף שאינם חוקיים, ורבים מהם משמשים מוקדים לאלימות מתנחלים. במהלך שלוש שנות כהונתה של הממשלה הוקמו 185 מאחזים חדשים, מתוכם כ־130 מאחזי חווה ו"גבעות". קצב ההקמה הלך וגבר משנה לשנה, והוא מלמד על מנגנון הולך ומתמקצע של השתלטות על שטחים, המנצל את המלחמה ואת העובדה שלמעשה אין אכיפה על בנייה ישראלית, כדי לקבוע עובדות חדשות בשטח.

​

למאחזי החוות יש תפקיד מרכזי בגירוש ובנישול. להערכתנו מאחזי החוות חולשים כיום על יותר ממיליון דונם — כ־%18 משטח הגדה המערבית. בתוך שנה אחת בלבד, במהלך 2025, נוספו כ־300,000 דונם לשטחים שעליהם השתלטו מתנחלים באמצעות מאחזי חוות. רק כ־%40 מהשטחים האלה מוגדרים על ידי המינהל האזרחי "אדמות מדינה", והשאר הם קרקעות פרטיות, אדמות וקף או שטחים שמעמדם לא מופה. המשמעות היא שמנגנון הרעייה, האלימות ומניעת הגישה מאפשר השתלטות בפועל גם על קרקעות שלא ניתן להקצות למתנחלים באופן רשמי.

התוצאה הישירה היא גירוש שיטתי של קהילות רועים פלסטיניות. בשנים 2023–2025 גורשו 118 קהילות ומקבצי רועים, בעיקר בעקבות אלימות מתנחלים, מניעת גישה למרעה ולמים, הצבת מאחזים סמוכים והיעדר הגנה מצד הצבא והמשטרה. לפי נתוני ארגון בצלם, בחודשיים הראשונים של 2026 גורשו עוד תשע קהילות ומשפחות, ובהן ראס עין אל־עוג'א, קהילת הרועים הגדולה ביותר בשטח C, שמנתה כ־1,000 תושבים. לצד זאת, בשנים 2023–2025 השתלטו מתנחלים על לפחות 11,520 דונם לצורכי חקלאות, בעיקר באמצעות חריש עונתי, נטיעת מטעי תמרים וכרמי ענבים וזיתים, במטרה לקבע את מניעת הגישה של פלסטינים לאדמותיהם.

​

מאז הקמת הממשלה, וביתר שאת לאחר 7 באוקטובר 2023, פרצו מתנחלים לפחות 223 ק"מ של דרכי עפר ברחבי הגדה, נוסף על שדרוג עשרות קילומטרים של דרכים קיימות. דרכים אלו משמשות להקמת מאחזים, השתלטות על שטחים וחסימת גישת פלסטינים לאדמותיהם. חלק ניכר מהדרכים נפרצו על קרקעות פרטיות או על אדמות שאינן אדמות מדינה, ולעיתים גם בתוך שטחי B. הדוח מצביע על מקורות תקציביים ממשלתיים לפריצת דרכים, ובהם תקציבי "מרכיבי ביטחון", תקציב של מחלקות סיור קרקעות ברשויות המתנחלים, והחלטה ממשלתית מינואר 2026 להקצות 125 מיליון ש"ח ל"סלילת צירים ביטחוניים".

​

על פי נתונים שפרסם משרד האו"ם לתיאום עניינים הומניטריים (OCHA), בשנים 2023–2025 חלה עלייה של כ־%80 במספר ההריסות שביצעה ישראל באזור C בשל בנייה ללא היתר: מ־537 מבנים בממוצע לשנה בשנים 2010–2022 ל־966 מבנים בממוצע לשנה בשלוש שנות הממשלה הנוכחית. הריסת מבנים פלסטינים משתלבת במערכת רחבה יותר של מניעת פיתוח פלסטיני, בעוד שהממשלה מקדמת תכנון, תקצוב והכשרה של התנחלויות ומאחזים ישראליים הנבנים בניגוד לחוקי התכנון והבנייה החלים בשטחי C.

​

בפרק העוסק בהשתלטות על קרקעות, מתוארת האצה דרמטית של מנגנוני ההשתלטות המשפטיים והביורוקרטיים. בשנים 2023–2025 הכריזה הממשלה על 25,959 דונם כ"אדמות מדינה" — כמעט מחצית מכלל השטח שהוכרז כאדמות מדינה מאז תחילת תהליך אוסלו. נוסף על כך קודמו הפקעות, צווי תפיסה, שינויי תחומי שיפוט וצמצום שטחי אש לטובת הרחבת התנחלויות. הממשלה גם החליטה לפתוח בהליכי הסדר מקרקעין בגדה המערבית ולהקצות לכך 244 מיליון ש"ח — מהלך שעלול להביא לנישול רחב היקף של פלסטינים, משום שרבים מהם יתקשו להוכיח בעלות לפי התנאים שתקבע ישראל, וקרקעותיהם עלולות להירשם על שם המדינה.

​

תהליכי ההשתלטות על קרקעות אינם מוגבלים עוד לשטח C. הממשלה החלה לכרסם גם בסמכויות שניתנו לרשות הפלסטינית בשטחי A ו־B. הדבר בא לידי ביטוי בצו האוסר על בנייה פלסטינית בשטחי "השמורה ההסכמית", בהחלטת הקבינט מפברואר 2026 ליטול סמכויות הריסה מהרשות הפלסטינית בשטחי A ו־B במקרים שיוגדרו פגיעה באתרי מורשת, סביבה או מקורות מים, ובהעברת סמכויות התכנון והבנייה במערת המכפלה ובאזור ההתנחלות בחברון לידי המינהל האזרחי. מהלכים אלו מערערים בפועל על המסגרת המינהלית שנותרה מהסכמי אוסלו ומרחיבים את שליטת ישראל גם לאזורים שהיו אמורים להיות בניהול פלסטיני במהלך תקופת הסכם הביניים, שממשלת ישראל פועלת בפועל להביא לקריסתו.